Kız Kulesi ile ilgili rivayetlerin en eskilerinden biri, İstanbul’un, ya da o zamanki adıyla Byzantium’un Atina’nın hükümranlığı altında olduğu döneme dayanıyor. Bu rivayete göre, Makedonya Kralı Filip’in İstanbul’a saldırma ihtimaline karşı, Atina krallığı, İstanbul’u korumak üzere Amiral Hares komutasında 40 pare gemi gönderiyor. Hares’in çok sevdiği eşi Damalys öldüğünde, amiral, eşini buradaki kayalıkların içine oydurduğu bir mezara defnediyor.
Bir başka efsaneye göre ise, Leandra adlı bir genç burada bir genç kıza aşık oluyor. Her gece, sevgilisiyle buluşmak için karşı kıyıdan yüzerek buraya gelen Leandra’ya yol göstermek için, sevgili Kız Kulesi’nin bulunduğu kayalıkların üstünde ateş yakıyor. Bir fırtınalı gecede genç kızın yaktığı ateş sönüyor. Leandra, kayalıkları bulamıyor ve yolunu kaybediyor. Boğazın serin ve karanlık sularında boğulup gidiyor. Leandra’nın ölümüne dayanamayan sevgilisi de intihar ediyor.
Bizans dönemiyle ilgili efsane de, eski Yunan hikayesindeki gibi ‘acı son’la bitiyor. Falcılar, Bizans kralına, ‘Sevgili kızın, yılan sokmasından ölecek’ diye, kötü bir haber veriyor. Kral, kızını yılan sokmasın diye, Kız Kulesi’nin bulunduğu kayalıklara bir ev yaptırıp, kızını buraya yerleştiriyor. Ancak genç bir subay, kralın kızına aşık oluyor. Günlerden bir gün, genç subay, prensese sunmak için bir demet çiçek hazırlıyor. Çiçek demetinin içinde gizlenen bir yılan, talihsiz prensesi sokup öldürüyor.
Selçuklu dönemiyle irtibatlandırabileceğimiz Battal Gazi efsanesinde ise ‘mutlu son’ var. Battal Gazi, Üsküdar Tekfuru’nun kızına aşık olunca, Tekfur, kızını burada yaptırdığı kuleye hapsediyor. Bunu öğrenen Battal Gazi, kuleyi basarak Tekfur’un kızını kaçırıyor.
Evliya Çelebi’nin hikayesi ise Osmanlı döneminde geçiyor. Çelebi, Sultan Bayezid-i Veli zamanında, Kız Kulesi’nde yaşayan bir velinin, her gün cübbesinin eteklerini toplayıp denizin üstüne oturarak Sarayburnu’na gittiğini ve Sarayda Padişah’a ders verdiğini anlatıyor.